ちょっと仕事が忙しくなってきて、あんまり進まなかったけど。

結局データの保存形式は、シリアライズを使うのはやめて、自作のデータ形式にしましたさ。
車輪がうまく回らないのなら、自分で作ればいいじゃない。

シリアライズが有効なのは、きっと、もっとちゃんと設計をしてから作るようなデータ構造の場合。
趣味で作るいきばたで構造がぽこぽこ変わるようなプログラムには向いていないんでしょう。